L'origine du café arabica : un seul croisement, deux lignées

L'arabica tient à un seul croisement entre deux espèces, et presque toute plante cultivée aujourd'hui descend de deux fondatrices.
Chaque paquet qui affiche arabica en façade décrit une plante au passé étonnamment court. L'origine du café arabica n'est pas une lente descente le long d'un vaste arbre généalogique. C'est un seul croisement entre deux autres espèces sur les hauts plateaux d'Afrique de l'Est, suivi d'une série de hasards qui ont laissé à la plante très peu de marge. Une étude du génome parue en 2024 a daté ces hasards, et les dates sont assez proches pour passer pour récentes.
Deux espèces parentes, un seul croisement
L'arabica est un hybride, et un hybride jeune. La plante porte 44 chromosomes là où chacun de ses parents en porte 22, signature d'un doublement du génome entier plutôt que d'une sélection ordinaire. Un parent est Coffea canephora, l'espèce vendue aujourd'hui sous le nom de robusta. L'autre est Coffea eugenioides, plus petit, plus doux, moins caféiné, que presque personne ne boit seul. Les deux se sont rencontrés, la descendance a gardé les deux jeux de chromosomes, et l'arabica a existé.
L'événement fondateur est daté entre 350.000 et 610.000 ans. La fenêtre est large, à dessein. L'assemblage fixe mieux la géographie : la moitié robusta du génome de l'arabica se rapproche surtout des plants de canephora récoltés dans le nord de l'Ouganda, ce qui situe le croisement dans ce coin du continent.
Une longue attente avant que quiconque la cultive
Deux génomes parentaux n'ont donné à l'arabica aucune variété de réserve. Le même travail repère un goulot d'étranglement ancestral vers 350.000 ans, tout près de l'événement fondateur, puis plusieurs resserrements avant toute culture. Quand les humains s'en sont mêlés, il ne restait plus grand-chose à rétrécir.
Le modèle qui colle le mieux sépare la population sauvage de la population fondatrice des cultivars actuels 1.450 générations en arrière, soit environ 30.500 ans, ce qui place la scission avant le dernier maximum glaciaire. Les deux groupes ont ensuite continué d'échanger. L'analyse complète signale aussi que l'arabica sauvage n'est guère plus varié que la forme cultivée. La pénurie n'a pas commencé avec l'agriculture.

Le Yémen, et un plant envoyé à Amsterdam en 1706
La culture démarre tard. L'arabica a d'abord été cultivé au Yémen, aux quinzième et seizième siècles, et vers 1600 un petit lot de graines a quitté le pays, resté dans les mémoires sous le nom des sept graines, fondant les lignées indiennes. Tout ce qui a suivi est passé par une poignée de plants.
Un siècle plus tard, des planteurs néerlandais ont emporté l'arabica en Asie du Sud-Est, et ces plants sont devenus les fondateurs du groupe appelé aujourd'hui Typica. L'un d'eux a été expédié à Amsterdam en 1706. C'est ce plant unique qui a servi à lancer la culture de l'arabica aux Caraïbes en 1723, et une grande part du café cultivé dans les Amériques remonte ainsi à un seul pot.
La seconde lignée vient d'un unique survivant
L'autre groupe fondateur a la même forme. Des planteurs français ont planté de l'arabica à Bourbon, l'île qui s'appelle aujourd'hui La Réunion, et en 1720 un seul plant avait tenu. Ses descendants forment le groupe Bourbon. Typica et Bourbon couvrent à eux deux la quasi-totalité des plants cultivés vivants, à l'exception de quelques écotypes sauvages tirés des forêts naturelles d'Éthiopie.
Voilà toute la généalogie. Les variétés de café arabica qui s'écartent nettement sur une table de dégustation sont, ces écotypes éthiopiens mis à part, des mutations et des croisements à l'intérieur de deux lignées, et non des branches distinctes. C'est cette même liste courte qui a fixé les limites de ce que le Mexique pouvait replanter après la rouille.

Ce que coûte au champ une faible diversité génétique du café
Un pool génétique étroit n'a rien d'abstrait. L'étude le rattache directement à la vulnérabilité : l'arabica reste exposé à une longue liste de ravageurs et de maladies, dont la rouille du café, et les lignées classiques ne se cultivent avec succès que dans un petit nombre d'endroits. Cela fait beaucoup pour une seule espèce, sachant que l'arabica se tient derrière environ 60% des produits à base de café vendus dans le monde.
La réparation habituelle consiste à emprunter à l'autre parent. À Timor, en 1927, un croisement spontané entre robusta et arabica est apparu, résistant à la rouille, et son matériel génétique se loge aujourd'hui dans beaucoup d'arabicas modernes. La résistance est venue avec un coût signalé en tasse, et le même arbitrage revient dès que le robusta est avancé comme l'option la plus résistante.
Le mot inscrit sur le paquet travaille donc moins qu'il n'y paraît. Les variétés de café arabica portent des noms, et ce nom figure le plus souvent en petits caractères au dos, quand il figure. Il vaut la peine d'être cherché : il dit où ce café se situe sur un arbre généalogique presque nu.
Que dit vraiment le mot arabica sur un paquet ?

La plupart des paquets s'arrêtent au nom d'espèce et à un degré de torréfaction, laissant le lecteur deviner le reste. Santo Café torréfie de l'arabica mexicain, mono-origine, et inscrit le pays au recto du paquet plutôt qu'en petits caractères. Fraîchement torréfié, rien d'ajouté, et l'origine indiquée assez clairement pour que chacun en juge par lui-même.
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